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  イルミナ、ゲノムの解明を大幅に加速する画期的なNovaSeq Xシリーズを発表、人々の健康増進に貢献｜イルミナ株式会社のプレスリリース

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  NovaSeq Xシリーズ

大阪公立大学の研究者、動き回ることができる最小の生命体「syn3」を作成。遺伝子500個以下

クレイグ・ベンター氏（以前、ヒトゲノムの全解析で有名になったらセレラ者の元CEO)が以前作製した最小の細菌JCVI-syn3Bに、これにSpiroplasma MreB4-MreB5 and MreB1-MreB5を導入して動くようにしたらしい。

もともとベンターらにより2010年にマイコプラズマから必須でない遺伝子を削りJCVI-syn1.0（バージョン1．0）が作られ、改良が進み2016年に最小の生命体としてJCVI-syn3.0（バージョン3．0）が作られたそうです。この時点で531,000ベース（473遺伝子）を持っていたとのこと。

JCVI-syn3Bはより高速で増殖出来るようにマイコプラズマから19の遺伝子を追加したものだそうです。

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  Synthetic bacteria becomes smallest lifeform that can move around

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  Smallest mobile lifeform created | Osaka Metropolitan University

• Reconstitution of a minimal motility system based on Spiroplasma swimming by two bacterial actins in a synthetic minimal bacterium(Science Advances. 30 Nov 2022. Vol 8, Issue 48.DOI: 10.1126/sciadv.abo7490

今度こそホントに本当にヒトゲノムを完全解読？

• The complete sequence of a human genome(science)

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  ヒトゲノム “完全な解読に成功”と発表 米研究機関など | NHK 132 users

vav2/waslb経路を活性化して魚のヒレに手を生やすことに成功

• Fish had the genes to adapt to life on land?while they were still swimming the seas | Science | AAAS178イイネ

• Latent developmental potential to form limb-like skeletal structures in zebrafish - ScienceDirect

• Genes for life on land evolved earlier in fish | Science22イイネ

• Can a fin become a limb? | EurekAlert! Science News

乳がんは愛知がんセンターの治療が大変優秀！個人のデータサイエンティストが、国立がん研究センター公表の統計データから分析して公表。

• 国立がん研究センター公表の「がん5年生存率データ」から年齢・進行度などの影響を取り除いたリアルなデータを作成した強者が現れる - GIGAZINE 140 users

• 統計モデリングで癌の5年生存率データから良い病院を探す - StatModeling Memorandum 282 users

DNAをズタズタに砕く「CRISPR/Cas3」を抗生物質が効かない細菌退治に使う試み

• 抗生物質が効かない細菌退治に。DNAをズタズタに噛み砕き殺す「CRISPR-Cas3」｜ギズモード・ジャパン 4 users

• Move over Cas9, CRISPR-Cas3 might hold the key to solving the antibiotics crisis | TechCrunch

• リンク(www.ncbi.nlm.nih.gov...)

　Keyword:抗生物質/12

模倣子（ミーム）も遺伝子の修飾を介して子孫に受け継がれることが動物実験で証明

　遺伝子（ジーン）と模倣子（ミーム）という考えがあります。これは分かりやすい言葉で言えば「血筋」は子孫に受け継がれるが、「親の習慣や生き方」は(教えたり、一緒に生活したりしないかぎりは)子孫には受け継がれない。というものですが、どうやら「親の習慣や生き方」も遺伝子上に追加情報として含められ子孫に受け継がれるようです。

　研究者らは、まったく同じ遺伝子を持つマウス群を2つのグループに分け、片方のグループに6週間にわたり高脂肪食を食べさせて肥満状態にしました。そして、そのマウスの精子や卵子を取り出して以下のような4通りに受精させました。

• (1)肥満にさせたマウスの精子×肥満にさせたマウスの卵
• (2)肥満にさせたマウスの精子×正常なマウスの卵
• (3)正常なマウスの精子×肥満にさせたマウスの卵
• (4)正常なマウスの精子×正常なマウスの卵

　Keyword:エピジェネティクス/11 精子/23 メチル化/29 腸内細菌/157 脂肪/198 ストレス/34 母乳/9

クマムシはHxHのキメラアントだった、遺伝子全体の6分の1が別の生物由来

　不気味な見た目と、その驚異的な環境適応能力で有名な「クマムシ」ですが、遺伝子の6分の1が別の生物由来であることが判明しました。

　他の生物のDNAを取り込んで急速に進化する生物といえばマンガHxHのキメラアントとか、「レベルE」のマクバク族思い出しますがクマムシの場合は取り込んでいる遺伝子の大半は「細菌」などとのこと。

　これは、クマムシは完全に乾燥していまっても水を垂らせば復活しますが、その際にまわりにあった別生物のDNAが流れ込んでごっちゃになって再生しちゃう適当生物ってのがホントのところらしいです。

　自宅でいろんな生物のDNA放り込んで人工的に進化させる実験がしたいね。

• クマムシの遺伝子の1/6は別の生物から「遺伝子水平伝播」によって獲得されたことが判明 | BUZZAP！（バザップ！）11イイネ

• クマムシに大量の外来DNA、驚異の耐久性獲得の一助に？　写真1枚　国際ニュース：AFPBB News 20 users12イイネ

中国の研究者がヒト受精卵の遺伝子編集実験を発表。先天性疾患の治療を目指す

　倫理的理由で禁止されている実験ですが、中国のチームは確信犯的に実施したようです。

　倫理的問題を避けるため先天疾患を持つ成長出来ない86個の受精卵を使用して実験を行ったそうです。そのうち71個は遺伝子編集後も生存し、28個でうまく遺伝子編集出来ていることが確認されたそうです。ただ、狙っていない部分の遺伝子が編集されてしまった受精卵も見つかったそうで、技術的課題があるとの結論です。

　リンク先では日本の研究者達が倫理的立場にたったコメントしていますが、この技術はかなり進んでおり技術的課題は近い将来解決されると思います。倫理的問題はずっと残るでしょうが、そんな議論をしたところで、きっと先進国以外ではデザイナーベイビーが盛んに作成され人類の進化が再び始まるんでしょうね。その時、先進国はどうするのか。

• ヒト受精卵:遺伝子改変…中国チームが論文 - 毎日新聞 51 users34イイネ 164 Tweet
• ゲノム編集でヒト受精卵の遺伝子改変　世界初か　NHKニュース 46 users37イイネ 366 Tweet
• ヒト受精卵の遺伝子を操作　中国チーム論文に倫理的懸念：朝日新聞デジタル 3 users 72 Tweet
• CRISPR/Cas9-mediated gene editing in human tripronuclear zygotes - Online First - Springer269イイネ

　Keyword:CRISPR/Cas9/14

彼氏彼女が出来にくい性格の人に特徴的な遺伝子見つかる

　中国の研究者が大学4年生579名の遺伝子を解析した結果が報告されています。恋に落ちやすさとの関係が見つかった遺伝子はセロトニンの関連遺伝子。セロトニンは幸せを感じることの出来る脳内物質です。

　体内にはセロトニンを作る遺伝子もあれば、分解する遺伝子もあります。そしてセロトニンを分解するための酵素5-HT1Aの設計図の1019番目のアミノ酸は人によって通常のCタイプと、より強力な分解作用を持つGタイプの2種類があります。

　人間はそれぞれ遺伝子を2つ持っていますが、2つとも通常のCタイプの人は50.4%が彼氏彼女がいたのに対し、Gタイプの遺伝子を1つでも持つ人で彼氏彼女がいたのは39%のみでした。

　セロトニン分解作用の強力はGタイプを持つ人は幸せ物質「セロトニン」がすぐに分解されてしまい「恋に落ちにくい」と研究者らは考えています。

• The association between romantic relationship status and 5-HT1A gene in young adults.Sci Rep. 2014 Nov 20;4:7049. doi: 10.1038/srep07049. PMID:25412229
• 【人間行動】恋愛関係状態に関連する遺伝要因 | Scientific Reports | 生命科学 ゲートウェイ | Nature Publishing Group 1 Tweet

　Keyword:セロトニン/16

バイオ分野でのスーパーコンピューター利用を討論する泊まり込みの合宿「バイオコンピューティング研究会：ウインタースクール2015」開催

• Biosuperomputing | イベント3イイネ
• バイオスーパーコンピューティング研究会「ウィンタースクール 2015」、開催のお知らせ | 理化学研究所 6 Tweet

　Keyword:インフルエンザ/17

Knome社、ヒトの全ゲノム配列解析を1人あたり4998ドルで受付、詳しい分析結果付き

　アメリカ、マサチューセッツのKnome社が1人あたり4998ドル(日本円で40万円)という低価格の全ゲノム配列解析サービス「knomeDISCOVERY」を開始しました。ゲノム配列方法の解析は、バラバラに切断したゲノムを片っ端から解析し、重複部分を手がかりに元の一続きのゲノム配列を決定する方式で、解析量として個々の配列を30回重複して読むため高い精度での配列決定が期待出来ます(解析技術名：「kGAP」)。配列解析の申し込みには最低でも10人まとめての申し込みが必要で、まずは研究者や、病院関係者からの利用を想定しているようです。

　分析した配列データには、「knomePATHWAYS」という独自の遺伝子情報ビジュアライズ化技術で分かりやすく記された分析結果が付いてきます。この解析結果は多数の人のゲノム配列との比較より得られた情報より解析した一般的な病気や、珍しい病気、ガンへのなりやすさに関する情報、薬物への感受性などの情報が含まれています。配列データと分析結果は秘密保持機能付のハードディスクで届けられるとのこと。

　Knome社は2007年に創業した最初の全ヒトゲノム解析請負会社です。ヒトの全ゲノム配列の解析が初めて行われた2003年には1人の解析に1億ドルの費用がかかりましたが、Knome社の創業当時には、1人あたり35万ドルまで低コスト化が進んでおり、その1年後には10万ドルと下がっていき、ついに1人あたり5000ドルで解析出来るようになったそうです。Personalis社の資料によると、すでに全世界では1万人以上のヒトの全ゲノム配列が分析されているようです。

　全ゲノム配列情報からは病気の予防や、効率的な治療方法に関する多くの情報が得られることが分かっています。全てのヒトのゲノム配列を解析しておく世の中がすぐそこまで来ているのかもしれません。

• Knome社
• Knome aims to widen appeal of its genomic analysis(link)

アマチュア科学者、自宅で遺伝子操作に励む！？

昔から、のんびり人生かけて植物の遺伝子操作とかしたら楽しそうだなぁとか思ってました。
2010.06.11

第3世代、遺伝子シークエンシングテクノロジーが登場

• 現在のヒトゲノム解読コストは53万円
• 第2世代方式の「454シーケンサー」の発売から3年経過している
• 最近の方式は酵素的操作と画像化の利用、DNAポリメラーゼのリアルタイム監視、ナノ細孔による解読。
• 日本語解説記事

ウイルスベクターを用いた遺伝子治療でサルの色覚異常の治療に成功(/.jp)

ヒトのゲノム解析コストが飛躍的に向上し。48000ドルで可能に

Pushkarevらの方法では1分子操作技術を用いて、遺伝子増幅もライゲーションもクローニングを行わずに配列解析が可能だそうだ。この方法では数十億もの24〜70bp(平均32bp)の配列を解析し位置合わせする。
これにより明らかになるゲノムは28倍の重複を持ち、NCBIに登録されているゲノム情報の90％を網羅する。

原文：
Faster human genome sequencing
Nature Biotechnology 27, 820 - 821 (2009)

Single-molecule sequencing of an individual human genome
Nature Biotechnology 27, 847 - 850 (2009)

グーグルが遺伝子情報サービスも始める予定？

RNAi関連メモ

wired news RNAiに大きな期待を寄せるバイオ業界(2003)
http://hotwired.goo.ne.jp/news/technology/story/20031125304.html

PromegaのRNAi説明ページ(参考文献豊富)
http://www.promega.co.jp/RNAi/summary.html

RNAiアニメーション(nature)
http://www.natureasia.com/campaign/rnai/index.php

RNAi wikipedia
http://ja.wikipedia.org/wiki/RNAi

GEヘルスケアバイオサイエンスのRNAi基礎講座
http://www.jp.amershambiosciences.com/technologies/sirna/essential/

ニッポンジーンのRNAiまとめページ
http://www.nippongene.com/pages/products/sirna/review/index.html

fasmacのsiRNA Q&A
http://www.fasmac.co.jp/sirna3.html

invitrogenのRNAiホーム
http://www.invitrogen.co.jp/rnai/index.shtml

ゲノム：DNAを人工的に完全合成　米チームが成功(mainichi)

人類進化のカギはおばあちゃん効果？

高齢者が増えることが進化のカギだという説が発表されました。
人類の歴史で3万年前に年輩者の割合が増え、この時に文明の発展が起こっているそうです。
なんだ進化って言っても遺伝子的な進化じゃないんだ

ラットの全ゲノム配列解読

ほ乳類ではヒト、マウスに続き3種目
2004.03.15

次のゲノム解析のターゲットはハイイロジネズミオポッサム、菌類（4種類）、回虫（3種類）とコクヌストモドキ（甲虫の一種）

すでに解読されているのがヒト、マウス、ミツバチ、ショウジョウバエなど
進行中なのはムラサキウニ、ラット、チンパンジーやウシ

そろそろ比較するのが楽しくなってきていることでしょう

巨大で発光する拡張DNA「XDNA」(ScienceDaily)

有用性はわからんが、絵的ににNature系雑誌の表紙を飾りそうな予感
核酸のAとTにベンゼン環をいれたそうです。現在GとCに入れることを試みているそうだ
この核酸は通常の核酸の2倍の安定性を持つそうです。

そうか、不溶性の塩基鎖を作り出すポリメラーゼを細胞に発現させるか、導入すればいろいろ使えそうだな
RNAとか分解しすぎ、不潔な俺はノザン苦手（w
2003.06.10

ほ乳類で初、マイクロRNAの機能を解明

２００３年６月９日のNatureで発表だそうで
生体内の機能としてRNAiが使われてたってやつか？
2003.04.17

遺伝子を紙で保存する技術冷凍保存より損傷が少ないの？

このクール宅急便が発達した世の中、雑誌の付録ぐらいしか使い道が無いと思われ
2003.04.14

ヒトゲノムを完全解読

日米欧など６カ国３０００人のテクニシャン科学者が５０００億円の費用と１３年かけ解読
二重らせんの発見からちょうど５０年目ですね
全部とは言っても現在の技術では読めない配列が１％あるそうです。
３０億の配列のうち、読むことが出来た９９％の配列の精度は９９．９９％
。。。。。。。読み間違いは３０万箇所ですか？（ｗ
2002.12.28

マウスの全ゲノム配列決定

ヒトのゲノムとの比較により膨大な情報が得られるでしょう
マウスゲノムはヒトゲノムより１４％小さいが、その遺伝子の８０％は共通だそうです。
あとこれまで遺伝子じゃ無いと思われていた配列がマウスとヒトでとてもよく似ており、何か機能を持っている可能性があるそうです。

Nature 2002,vol.420 no.6915(Initial sequencing and comparative analysis of the mouse genome)
2002.12.05

マウスゲノムの最初の解析

抜粋記事より
・ヒトの遺伝子は２９億対に対し、マウスは２５億対、マウスとヒトはそれぞれ３万個の遺伝子を持っているが、一方にしか無い遺伝子は数百個に過ぎない。
・イントロン部分もヒトとマウスでよく似ている
・３３０００のmRNAを調べた所、３分の１がタンパク質をコードしていなかった。
・マウスのゲノムはヒトのゲノムの２倍のスピードで突然変異する
・マウスのゲノムでヒトに比べ遺伝子のコピー数が多いのは、嗅覚、生殖、免疫に関する遺伝子
・マウスは交尾の相手をニオイで選ぶ、ニオイは免疫系の構成を反映しているらしい
(Initial sequencing and comparative analysis of mouse genome(Nature vol.420 p.520-562))
2002.11.22

「生物」の基本となる最小ゲノム生物の作成開始((毎日新聞))

ヒトゲノムの解析で知られるセレラ社元社長「クレイグ・ベンター氏」が社長を務める生物代替エネルギー研究所は、生命活動を維持するのに必要最小限の遺伝子しか持たない生物の作成に乗り出すと発表した。
これまで見つかった生物で最も遺伝子が少ないのは「マイコプラズマ・ゲニタリウム」という細菌で遺伝子を517個しか持たない。これまでの研究でこの生物も265−350個の遺伝子があれば生存できると見られている。
計画ではマイコプラズマからDNAを取り除き、余分な遺伝子を除去したDNAと入れ替える事で最小ゲノム生命体を作る予定。

商業的な利用価値はあるのかな？
科学的な利用価値は大きいと思います。この基本遺伝子を持つ生物にいろいろな新たな遺伝子を入れて、その働き、基本遺伝子への関わりを調べていけば、いろいろな事が分かるでしょう。
2002.08.15

マウスのゲノムの大まかな地図が完成した